1983年7月毕业于江西中医学院中药学专业，获学士学位；1983年8月-1985年7月在江西省景德镇市药检所工作；1985年9月-1988年7月在中国中医研究院学习，获医学硕士学位；1985-2008年在中国中医研究院工作，历任助理研究员，研究员；1989-1990年在日本(株)津村顺天堂生物工作，任化学研究所客座研究员；1991-1995年在香港中文大学生物学专业学习，生药学方向，获哲学博士学位；1998-2000年在日本富士医科药科大学药效解析中心，从事分子鉴定博士后研究；2000-2001年在香港中文大学生物系工作，副研究员；2001-至今，任国家中药现代化工程技术研究中心主任。自2015年5月，任暨南大学岭南传统中药研究中心主任。兼任中国中医科学院中药研究所客座研究员、国家药典委员会药材饮片第一专委会副主任委员、国家科学技术奖励评审委员、国家药品注册审评专家咨询委员会委员和国家保健食品审评专家、国家执业药师工作委员会专家、中华中医药学会炮制分会副秘书长、中国药学会青年工作委员会委员、广东省药学会岭南中草药资源专委会主任委员等职。

曹晖教授1983年毕业于江西中医药大学（江西中医学院前身），大学毕业论文“关于当归炮制历史沿革研究”即是在江西中医药大学龚千峰教授指导下完成，后由中国中医科学院王孝涛教授推荐发表在《中药通报》1986年11卷2期，并在发表当年获得中央国家机关首届青年优秀论文三等奖。1983-1985年在江西省景德镇市药品检验所从事药材检验工作，在江西中医药大学范崔生教授指导下完成大青叶本草考证工作，在江西省药品检验所马锡荣主任药师指导下参加药材显微鉴别培训和第三次全国中药资源普查（江西6个地区）工作。

1985年师从我国中药品种理论创始人、首批全国老中医药专家、著名生药学家谢宗万先生和本草文献学家章国镇先生从事品种考证、本草文献、药学会史工作；1990年、1998年分别师从香港中文大学植物分类学教授Paul But（毕培曦博士）和分子生物学教授Pang-Chiu Shaw（邵鹏柱博士）及日本津村研究所生药学三桥博教授、日本富山医科药科大学生药学小松佳子教授从事植物系统学、生药显微鉴定、中药分子鉴定工作，2000年师从我国著名中药炮制学家、首批全国老中医药专家和国家级非遗代表性传承人王孝涛先生从事炮制技艺整理和炮制规范化、饮片标准化工作。

1993年夏，曹晖教授公派赴香港中文大学生物系攻读博士学位研究生，师从美国加州大学伯克莱分校植物分类学博士Paul But教授，主攻分子生物技术在中药质量评价领域的应用研究，在两年的学习期完成菊科5个属13种植物的分子系统学和华南地区常用的药材“苦地胆”与“丁竖朽”、“蒲公英”与“土公英”的DNA指纹鉴别研究。1995年秋学成归国，回到中国中医研究院中药研究所工作，在国内率先开展中药DNA指纹鉴定研究，是该领域的早期开拓者之一。

自1998年以来，曹晖教授先后开展了中日同名异物生药川芎、山药、郁金、莪术以及姜科姜黄属植物分子系统学研究，以及蛇床子、广藿香、三七、人参、甘草、黄芪、党参、半夏、黄精、玉竹、藏药塞隆骨、鱼鳔等重要中药的DNA分子快速检测技术的研究。对这些药材的核基因（18S rRNA, ITS）和叶绿体基因(matK, trnK, rbcL)进行了大量的测序工作，相关的100余个基因序列首次登录于国际基因库中。所研制的三七花、人参花药材PCR快速检测试剂盒及毒性中药半夏的高效特异基因芯片为鉴别药材提供了可靠的控制手段，也为中药规范化的种植和高效快速简便的标准化检验提供了示范性研究案例基于多年的研究实践和国内外同行的研究实例，曹晖教授总结、编撰了《中药分子鉴定》和《中药分子鉴定技术与应用》两部专著，为分子鉴定技术在中药材真伪鉴别、中药材正品与替代品鉴别、中药材多基原鉴定与遗传多样性、中药材产地鉴别、中药材生长年限鉴别等多方面的研究提供理论支持和技术指导。

2001年9月曹晖教授任国家中药现代化工程技术研究中心常务副主任，工作重心转为围绕岭南特色中药产业发展中的瓶颈问题，重点进行岭南特色中药产业关键技术和工程化技术研究，为中药大健康产业现代化提供技术支撑。他将中心具有自主知识产权的核心技术“中药双超技术”（中药超声波提取技术和中药超微粉碎技术）等中药产业化关键共性技术进行全面的行业推广，并积极带领研究团队与多家单位加强产学研合作，围绕安全有效、质量可控等关键环节、重大共性问题进行产学研联合攻关。大力开展中药大品种参芪注射液和抗病毒颗粒二次开发，在其升级改造中取得了重要突破，为企业创造了极大经济效益和社会效益。

2015 年 5 月曹晖教授任暨南大学岭南传统研究中心主任，聚焦于生药本草资源、炮制规范标准和产学研结合等方向开展工作。在继承的基础上创新，充分利用现代科学方法诠释岭南特色中药传统药性、炮制、配伍等原理、规律，围绕生产规范化、质量标准化，加强与生产、流通企业的合作，提高科研成果的转化率；通过科研实践，加强学术交流、培养高层次人才。

生药本草资源方向：围绕岭南中药药性、凉茶、汤料、方剂配伍规律等开展岭南本草文献研究，包括文献古籍整理、校点、影印，品种考证等；其次围绕岭南特色资源药材、岭南道地药材及珍稀濒危药用植物的资源调查、栽培、分类、鉴定、质量评价等可持续发展的关键问题开展研究。调查整理历代中国道地药材彩绘图谱与岭南本草文献、文物，出版《“一带一路”中医药文物图谱集》《中国药学文物图集》《中国道地药材图典》《岭南道地药材图萃》《粤八味》等。

炮制规范标准方向：围绕中药传统制药技术传承和岭南特色中药饮片炮制工艺规范化和质量标准开展研究，建立中药炮制传承工作室，整理“粤帮”炮制经验和文献资料，探索饮片中药功能主治与方剂配伍规律，以现代科学的方法来阐明炮制理论和原理，并指导生产实践。开展岭南特色饮片工艺和经验，整理“蒸制降燥” 炮制理论，开展广陈皮、广佛手等工艺及质量标准降燥科学研究。并建立国家中医药管理局和文化部“非物质遗产传承”项目王孝涛传承工作室广东分部，整理总结王孝涛中药学术思想，出版《中药炮制技艺图典》《有毒中药饮片炮制技术规范传承集要》《炮制大法》（点评本）；修订《全国中药炮制经验集成》等。

产学研结合方向：围绕岭南特色中药产业发展中的瓶颈问题，重点进行岭南特色中药产业关键技术和工程化技术研究，为中药大健康产业现代化提供技术支撑。组建以国家中药现代化工程技术研究中心为核心的 31 个特色鲜明、优势明显的分中心，包括广州分中心、西南资源分中心、岭南药用芳香油分中心、云南民族药分中心、中山健康产品分中心、保健食品分中心、岭南资源分中心、标准物质分中心、土家医药分中心、中药饮片分中心、客家中医药资源研究分中心、艾草分中心、香药资源分中心、中药材产地加工分中心、东莞分中心、香港分中心、生物质医用新材料分中心、内蒙古分中心、新型递药系统分中心、药食同源与健康研究分中心、中药标准研究分中心、中药非临床评价分中心、中药外用技术研究分中心、中药农业研究分中心、治未病健康工程分中心、抗衰老研究分中心、海洋中药分中心、康养资源分中心、经典名方分中心、人工转化熊胆研究分中心和云药资源分中心。围绕中药新产品包括创新药、新剂型、保健食品、药妆等关键技术研究，开展产品研发或二次开发。